El Colegio de la Frontera Sur cuenta con una Unidad de investigación y docencia en la ciudad de Tapachula, cabecera de la región del Soconusco, Chiapas. Esta región es seno de una importante actividad agropecuaria y comercial y se caracteriza - por su ubicación fronteriza - por un amplio flujo migratorio, en el cual además del factor humano, se incluye el transito de otros agentes biológicos (semillas, enfermedades, insectos, etc.) y comerciales, con amplias implicaciones en los aspectos ecológico, agrícola, médico, económico y social, no solo de la región, sino del país.